Sejarah Indonesia selama ini ditulis berdasarkan artefak, prasasti, dan naskah kuno. Ini adalah sejarah dari perspektif mereka yang meninggalkan catatan tertulis—para bangsawan, pendeta, dan penjajah. Namun, ada sejarah sunyi yang tidak pernah tercatat dalam dokumen apa pun: sejarah rakyat biasa, para petani, pelaut, pemburu-peramu yang menghuni kepulauan ini puluhan ribu tahun sebelum kerajaan-kerajaan besar berdiri. Dari mana mereka berasal? Bagaimana mereka menyebar ke ribuan pulau? Seberapa jauh mereka bercampur dengan pendatang kemudian dari Asia Daratan, India, Arab, dan Eropa? Pertanyaan-pertanyaan ini tidak bisa dijawab oleh arkeologi konvensional. Jawabannya tersimpan dalam DNA kerangka-kerangka kuno yang tersebar di museum-museum dan situs arkeologi Indonesia, selama ini hanya menjadi koleksi tak tersentuh. Revolusi teknologi sekuensing DNA kuno (ancient DNA/aDNA) kini memungkinkan kita untuk membaca sejarah dari tulang-belulang leluhur, dan Indonesia memiliki potensi luar biasa untuk menjadi episentrum riset aDNA tropis dunia.
Visi Proyek GENOMA-PURBA adalah membangun laboratorium arkeogenomik dan paleoantropologi tropis pertama di Indonesia yang setara dengan fasilitas di Max Planck Institute (Jerman) atau Harvard Medical School (AS), dengan kemampuan khusus untuk menangani spesimen tropis yang DNA-nya sangat terdegradasi, serta melakukan ekspedisi pengambilan sampel sistematis ke situs-situs arkeologi kunci di seluruh Nusantara.
Komponen 1: Fasilitas Laboratorium DNA Kuno Tropis Berstandar Internasional. DNA kuno sangat rapuh dan mudah terkontaminasi. Di daerah tropis, degradasi DNA berlangsung sangat cepat karena suhu dan kelembaban tinggi. Laboratorium aDNA konvensional di Eropa tidak dirancang untuk spesimen tropis. GENOMA-PURBA membangun fasilitas khusus dengan:
- Tekanan udara positif-berlapis (clean room) dengan sistem filtrasi HEPA kelas 100.
- Sistem dekontaminasi UV di seluruh ruangan dan peralatan.
- Protokol ekstraksi yang dioptimalkan untuk fragmen DNA ultra-pendek (30-60 bp) yang menjadi ciri khas spesimen tropis.
- Fasilitas sekuensing generasi berikutnya (Illumina NovaSeq, BGI, atau Nanopore) dengan kapasitas produksi data genom skala besar.
- Ruang penyimpanan spesimen dengan suhu dan kelembaban terkontrol, terpisah dari laboratorium riset.
Komponen 2: Ekspedisi Pengambilan Sampel dan Kolaborasi dengan Museum. Laboratorium tidak akan berarti tanpa sampel. GENOMA-PURBA bermitra dengan Direktorat Pelindungan Kebudayaan, Museum Nasional Indonesia, Balai Arkeologi, dan museum-museum daerah untuk:
- Menginventarisasi koleksi osteologi manusia prasejarah dan proto-sejarah yang tersimpan di museum dan lembaga riset.
- Memprioritaskan situs-situs kunci: Punung (Pithecanthropus soloensis), Song Keplek, Gua Harimau, Liang Bua, Togean, Leang-Leang, Gua Pawon, dan situs-situs prasejarah di Papua, Sumatera, Kalimantan, Maluku, dan Nusa Tenggara.
- Melakukan pengambilan sampel dengan metode non-destruktif atau seminimal mungkin (gigi, tulang petrous bagian dalam), dengan persetujuan penuh dari otoritas museum dan, jika relevan, komunitas adat setempat.
Komponen 3: Analisis Bioinformatika Skala Besar dan Rekonstruksi Demografi. Data genom mentah dari mesin sequencer harus diproses dengan pipa analisis aDNA yang sangat kompleks. GENOMA-PURBA mengembangkan:
- Algoritma penyaringan DNA kontaminan modern (berdasarkan panjang fragmen, pola deaminasi pada ujung molekul, dan metilasi).
- Pemetaan ke genom referensi manusia (GRCh38) dan genom arkaik (Denisova, Neanderthal).
- Imputasi genotipe untuk mengisi data yang hilang pada lokus-lokus tertentu.
- Analisis f3, f4, dan f4-ratio untuk mengestimasi proporsi percampuran antar populasi.
- Pemodelan demografi menggunakan metode coalescent (MSMC, GONE, dadam) untuk merekonstruksi sejarah ukuran populasi, migrasi, dan percampuran.
Komponen 4: Integrasi dengan Arkeologi, Linguistik, dan Antropologi Budaya. DNA tidak berbicara sendiri. Hasil analisis genom harus diintegrasikan dengan bukti arkeologi (sebaran artefak, teknologi tembikar, sisa fauna), linguistik historis (rekonstruksi bahasa purba, sebaran rumpun bahasa), dan antropologi budaya (tradisi lisan, praktik penguburan). GENOMA-PURBA membentuk konsorsium nasional yang melibatkan arkeolog, linguis, antropolog, sejarawan, dan genetikawan dari berbagai universitas dan lembaga riset. Mereka bersama-sama menginterpretasi temuan genomik dan merumuskan narasi besar tentang sejarah populasi Nusantara yang selama ini tidak terungkap.
Dampak GENOMA-PURBA bersifat fundamental, ilmiah, dan kultural. Dampak ilmiah: Indonesia akan memiliki data genomik prasejarah terkaya di Asia Tenggara. Temuan-temuan seperti keberadaan populasi Denisovan di Wallacea (seperti yang telah ditemukan di Liang Bua), jalur migrasi awal ke Sahul, atau dampak migrasi Austronesia terhadap genom populasi asli akan menjadi kontribusi besar bagi pemahaman evolusi manusia global. Dampak kultural: bangsa Indonesia selama ini mendefinisikan identitasnya berdasarkan bahasa dan budaya. Genetika menunjukkan bahwa identitas itu jauh lebih kompleks dan campuran. Tidak ada “ras asli” yang murni; kita semua adalah hasil dari puluhan ribu tahun percampuran. Temuan ini dapat menjadi landasan ilmiah untuk memperkuat narasi kebhinekaan dan menolak segala bentuk rasisme dan primordialisme. Dampak edukasi: museum-museum di Indonesia tidak lagi hanya memajang tengkorak dengan label “manusia purba” yang membosankan. Mereka dapat menceritakan kisah personal: “Individu yang dikuburkan dengan bekal periuk ini memiliki 60% genetik Austroasiatik dan 40% genetik Austronesia, serta menderita penyakit TBC.” Kisah-kisah ini akan membuat masa lalu menjadi hidup dan relevan. Dampak kebijakan: data genomik juga dapat digunakan untuk mendukung klaim masyarakat adat atas wilayah leluhur mereka, dengan menunjukkan kontinuitas genetik antara populasi prasejarah dan komunitas masa kini. GENOMA-PURBA adalah mesin waktu molekuler yang akan membawa kita kembali ke akar terdalam keberadaan manusia di kepulauan ini, mengungkap bahwa kita semua adalah saudara.